Durante l'inizio del 21° secolo un meteorite è caduto in Antartide, a questo evento è seguita una gigantesca esplosione, classificata come 'Secondo Impatto'. Shinji Ikari è un ragazzo di quattordici anni anni che è venuto a Toyko3 per incontrarsi con il padre che lo ha lasciato molti anni fa.  La città/fortezza si trova sotto assedio di creature mostruose chiamate 'Angeli'. In qualche modo, Shinji si trova nell'unità Evangelion 01, e riesce a sincronizzarsi con il robot gigante: diventerà il suo pilota permanente,  gettato in combattimento come ultima difesa della città per la lotta contro gli angeli. Tuttavia, mentre Shinji combatte, comincia a capire la verità nascosta dietro gli Angeli, il secondo impatto, la lotta dell'uomo contro Dio e ciò di cui bisogna veramente aver paura.