Il secondo film si apre con Shinji in preda all disperazione, Asuka in stato di coma all’interno della base della NERV, e Rei in procinto di svelare la sua vera natura. Tutti i personaggi si troveranno a confrontarsi e a venire a patti con il proprio destino; Shinji dovrà decidere se vuole rimanere in vita o morire e la sua decisione influenzerà le sorti di tutta l'umanità. Si prospetta un'Apocalisse, che coinciderà con una nuova Genesi.